医学分子生物学杂志 ›› 2022, Vol. 19 ›› Issue (1): 10-19.doi: 10.3870/j.issn.1672-8009.2022.01.002
摘要: 目的 探讨 K562 细胞分化前后全基因组上的 PU. 1 结合位点图谱及靶基因。 方法 用 hemin 对 K562 细胞诱导分化 72 h, 诱导分化前后的细胞利用 PU. 1 抗体进行染色质免疫共沉淀实验, 并进行高通量 测序, 利用生物信息学分析 K562 细胞分化前后 PU. 1 在基因组上的结合位点, 并进行基因注释、 基因功能 分析、 KEGG 通路分析及靶基因预测。 结果 发现 K562 细胞分化前 PU. 1 结合位点有 3 107 个, 分化后的 结合位点有 1 897 个, 共有的结合位点有 843 个。 KEGG 通路分析结果显示, 分化后 PU. 1 结合位点特有的 信号通路有 NF-κB 信号通路, 生长激素合成、 分泌和运输通路, MAPK 信号通路。 K562 细胞分化前后有 1 210个差异的 PU. 1 结合位点, 对应 179 个靶基因, 其中分化相关的 PU. 1 靶基因包括球蛋白基因、 自噬相 关基因、 microRNA、 非编码 RNA 以及转录因子。 Motif 分析结果显示, PU. 1 倾向于去结合 ACTTCC 特定序 列。 结论 PU. 1 的基因组结合位点在 K562 细胞分化前后发生了显著变化, 此研究结果为进一步揭示 PU. 1 在血细胞中的功能及作用机制提供了依据。
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