医学分子生物学杂志 ›› 2025, Vol. 22 ›› Issue (1): 76-83.doi: 10.3870/j.issn.1672-8009.2025.01.012
摘要： 目的 应用生物信息学工具探索糖酵解相关基因 (glycolysis-related genes, GRGs) 在胃癌中的表达及基于其所构建的风险评分模型与胃癌患者预后的关系。 方法 从癌症基因组图谱 (the cancer genome atlas, TCGA) 数据库下载胃癌组织转录组和临床特征数据。 从基因集富集分析 (gene set enrichment analysis, GSEA) 数据库中获得 GRGs 集。 使用 limma 包来识别胃癌组织中差异表达的 GRGs。 使用单因素 Cox 回归分析筛选预后相关的 GRGs, 应用 LASSO 回归分析构建基于 GRGs 的预后预测模型。 根据 Cox 回归分析确定的独立预后危险因素构建 Nomogram 图。 最后, 分析22 种浸润性免疫细胞与 GRGs、 风险评分模型相关性。 结果 鉴定出21 个差异表达的 GRGs, 其主要富集在酒精代谢过程和酪氨酸代谢途径。 利用 LASSO 和 Cox 模型筛选出5 个预后相关的糖酵解基因 (ADH1B、 ADH4、 CLDN9、 VCAN 及 LHX90), 构建预测胃癌预后风险评分模型。 低风险评分的胃癌患者总生存时间明显优于高风险评分的胃癌患者, ROC 曲线分析显示该模型预测胃癌患者 1 年、 3 年及 5 年生存期曲线下面积 (area under curve, AUC) 值分别为0. 602、 0. 680 和 0. 802, 发现该模型预测患者生存期的效能优于肿瘤分期及分级。 单因素和多因素 Cox 分析显示构建的模型、 患者的年龄、 性别及肿瘤分期、 分级是胃癌患者独立预后因素。 基于独立危险因素构建了用来预测胃癌患者生存 Nomogram 图。 最后, 发现 CD8 T 细胞和辅助性滤泡T 细胞比例在高危组中明显降低, 而 M0 型和 M2 型巨噬细胞比例在高危组中明显高于低危组。 辅助性滤泡 T 细胞与 ADH1B 表达水平、 VCAN 表达水平和风险评分呈负相关。 M2 型巨噬细胞与 VCAN 表达水平和风险评分呈正相关。 结论 研究筛选出胃癌预后相关的5 个 GRGs 构建的模型可作为评估胃癌患者预后的可靠工具, 为胃癌提供潜在的糖酵解治疗靶点。
中图分类号:
