医学分子生物学杂志 ›› 2024, Vol. 21 ›› Issue (4): 374-379.doi: 10.3870/j.issn.1672-8009.2024.04.013
摘要: 目的 利用生物信息学方法探究肝癌和糖尿病共有的基因特征和致病机制。 方法 在 GEO ( Gene Expression Omnibus) 数据库中下载肝癌数据集 (GSE121248) 和糖尿病数据集 (GSE29221), 通过 R语言包进行差异分析, Venn 图获取共有的差异表达基因 (differentially expressed genes, DEGs)。 对 DEGs 进行 GO (gene ontology) 和 KEGG ( kyoto encyclopedia of genes and genomes) 富集分析, Cytoscape 软件获取PPI (protein protein interaction) 网络中的关键模块和核心基因。 在 NetworkAnalyst 数据库中进行基因、 转录因子和 mi-RNA 的网络互作分析。 DGIdb 数据库用于基因与药物的互作分析。 通过 Kaplan-Meier Plotter 数据库分析核心基因的预后价值。 结果 共筛选出 39 个 DEGs, 这些 DEGs 在细胞外基质、 胰岛素样生长因子受体信号通路的正调控、 肝素结合和 P53 通路等信号通路中显著富集。 共筛选出 6 个核心基因 ( THBS1、DCN、 BGN、 COL14A1、 LUM、 PCOLC), 其中 2 个核心基因 (DCN、 THBS1) 可与相关肿瘤治疗药物互作, 1 个核心基因 (DCN) 与肝癌患者预后相关。 结论 DCN 可能是治疗糖尿病并发肝癌的潜在药物靶点。
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