医学分子生物学杂志 ›› 2024, Vol. 21 ›› Issue (4): 366-373.doi: 10.3870/j.issn.1672-8009.2024.04.012
摘要: 目的 构建胃癌 (gastric cancer, GC) 中与预后相关的 circRNA-miRNA-mRNA 竞争性内源 RNA(competing endogenous RNA, ceRNA) 调控网络, 探究诊治靶点。 方法 从 GEO、 TCGA 数据库中获得 GC中差异表达的 circRNAs ( circular RNA, circRNA) 及相关 miRNAs ( microRNA, miRNA)、 mRNAs, 利用Cytoscape 构建 circRNA-miRNA-mRNA ceRNA 网络, 关注差异表达 mRNAs 功能, 确定枢纽基因, 最终通过Kaplan-Meier 生存分析确定其预后价值。 结果 ceRNA 网络由差异表达的 2 个 circRNAs、 5 个 miRNAs 和349 个 mRNAs 组成。 功能富集分析提示差异 mRNAs 在 “肌肉系统发育”、 “金属离子跨膜转运蛋白活性”、“突触膜” 和 “钙信号通路” 等方面和通路显著富集。 构建了包含125 个节点和165 条边的 PPI 网络, 并鉴定出10 个枢纽基因, 生存分析提示低 ADAR1D 或 PTGFR 表达可能导致 GC 患者预后不良。 结论 成功构建了与GC 预后相关的 circRNA-miRNA-mRNA ceRNA 调控网络, 确定了 hsa_ circ_ 0001190/ hsa-miR-7-5p/ ADRA1D 和 hsa _ circ_ 0036287/ hsa-miR-3127-5p/ PTGFR 两个在 GC 中具有潜在预后价值的轴, 为 GC 的靶向诊治与研究提供新的依据。
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